Ständiga sekreteraren är Akademiens verkställande ledamot och ansvarar för det dagliga arbetet och löpande förvaltning enligt akademistyrelsens riktlinjer. Hen är chef för kansliet och har ett särskilt ansvar att se till att Akademiens medel används på rätt sätt. Mellan åren 1784–1808 hade Akademien två ständiga sekreterare samtidigt med olika ansvarsområden.
Kungl. Vetenskapsakademiens ständiga sekreterare från grundandet 1739 fram till idag:
- Ellen Moons, 2026–
- Hans Ellegren, 2022–2025
- Göran K. Hansson, 2015–2021
- Staffan Normark, 2010–2015
- Gunnar Öquist, 2003–2010
- Erling Norrby, 1997–2003
- Carl-Olof Jacobsson, 1989–1997
- Tord Ganelius, 1981–1988
- Carl Gustaf Bernhard, 1973–1980
- Erik Rudberg, 1959–1972
- Arne Westgren, 1943–1959
- Henning Pleijel, 1933–1943
- Henrik Söderbaum, 1923–1933
- Christopher Aurivillius, 1901–1923
- Daniel Georg Lindhagen, 1866–1901
- Peter Fredrik Wahlberg, 1848–1866
- Jöns Jacob Berzelius, 1818–1848
- Olof Swartz, 1811–1818
- Jöns Svanberg, 1803–1811
- Carl Gustaf Sjöstén, 1803–1808
- Daniel Melanderhjelm, 1796–1803
- Henric Nicander, 1784–1803
- Johan Carl Wilcke, 1784–1796
- Pehr Wilhelm Wargentin, 1749–1783
- Pehr Elvius, 1744–1749
- Jacob Faggot, 1741–1744
- Anders Johan von Höpken , 1740 (juli)–1741
- Augustin Ehrensvärd, 1740 (april)–1740 (juni)
- Anders Johan von Höpken, 1739–1740 (mars)
